溶解多肽是非常复杂的事情，一般很难一下子确定合适的溶剂。通常是先取一点试验，在没有确定合适的溶剂前千万不要全部溶解。

　　下列方法有助于您选择合适的溶剂：

　　(1)判定多肽的电荷特定，设定酸性氨基酸Asp(D),Glu(E)和C端COOH为-1;碱性氨基酸Lys(K),Arg(R),His(H)及N端NH2为+1,其它氨基酸的电荷为0。计算出将电荷数。

　　(2)如果净电荷数 >0，多肽为碱性，用水溶解：如果不溶解或溶解性不大，加入醋酸(10%以上);如果多肽还不能溶解，加入少量TFA(25ul)溶解，然后加入500ul水稀释。

　　(3)如果净电荷数<0，多肽为酸性，用水溶解;如果不溶解或溶解性不大，加入氨水(25ul)溶解，然后加入500ul水稀释。

　　(4)如果净电荷数=0，多肽为中性，一般需要用有机溶剂如乙腈，甲醇或异丙醇，DMSO等溶解。还有人建议需要尿素来溶解疏水性很大的多肽。

　　多肽合成需要考虑多肽的长度，电荷，亲疏水性等因素。长度越长，合成粗品的纯度和产率都随着降低，纯化的难度和无法合成的几率就会大些。

　　当然多肽功能区的序列是无法改变的，但是为了多肽的顺利合成，有时不得不在功能取的上下游增加一些辅助氨基酸，以改善多肽的溶解性和亲疏水性。

　　如果多肽太短，合成也可能有问题，主要问题是合成的多肽在后处理过程中有一定的难度，5肽以下的多肽，一般要有疏水的氨基酸，否则后处理难度加大。15个氨基酸残基以下的多肽一般都可以得到满意的产率和得率。